backend/frontend/runtime: 训练面板 / session 隔离 / agent runtime 调整

- backend/api/server.py：训练 step-detail / pipeline 卡片排序逻辑
- frontend：thread-list / thread / training-pipeline-panel / step-detail-sheet 配套调整，新增 metrics-chart-panel
- src/agent_*：tool spec / runtime / prompting 配套
- .gitignore 加 .logs/

Co-Authored-By: Claude Opus 4.7 <noreply@anthropic.com>

src/agent_prompting.py

@@ -162,8 +162,8 @@ def get_doing_tasks_section() -> str:
         '不要为了单次操作创建 helper 或抽象。优先使用能完整解决问题的最简单实现。',
         '除非确实需要新文件，否则优先编辑现有文件。',
         '对于文件解析、表格转换、JSON 或 JSONL 处理、日志分析、批量校验、数据抽样等任务，如果小型 Python 脚本比手工文本处理更可靠，可以编写小型 Python 脚本。',
-        '小脚本应短小、可读，并明确输入和输出。需要执行 Python 代码或 Python 脚本时，使用 python_exec；不要通过 bash 执行 python、python3 或 .venv/bin/python。',
-        '一次性 Python 分析优先直接传给 python_exec.code，不要为了临时分析创建项目文件。',
+        '小脚本应短小、可读，并明确输入和输出。需要执行 Python 时，把代码写到 session/scratchpad 下的 .py 文件，再用 bash 跑 `python3 -u <script> 2>&1 | tee <log>`；`-u` 关 stdout 缓冲、`tee` 让进度行实时落盘，超时被 kill 时仍能 tail 日志看到死在哪。不要把多行 Python 代码以 `-c` 字符串方式塞进 bash command。',
+        '一次性 Python 分析也走脚本文件 + bash，不要为了临时分析在项目根目录创建脚本，scratchpad 是默认临时区。',
         '如果确实需要临时脚本、缓存或中间产物，必须写入当前 session/scratchpad；交付产物必须优先写入当前 session/output。',
         '只有用户明确要求长期复用或该脚本属于产品代码时，才把 Python 脚本加入项目源码目录。',
         '当事情失败时，先诊断原因再改变方向。不要对同一个失败动作反复循环。',